2020年10月22日現在、駐日フィリピン共和国大使館でビザ申請が可能な外国人は、入国が認めれている一部の該当者のみとなっています。

I. フィリピン国籍を持つ重国籍者

有効なフィリピン政府発行のパスポートを所有していない場合、フィリピン国籍者認定証明書または、2003年（共和国法9225）による国籍維持・再取得証明書を保有している元フィリピン国籍者であれば、入国が認められます。

II. フィリピン国籍者の配偶者、フィリピン国籍者の未成年の子供、フィリピン国籍者の介助が必要な子供、フィリピン国籍未成年者の親

2020年7月30日付第60号決議に従い、新型コロナウイルス感染症に関する省庁間タスクフォース（IATF-EID）は、フィリピン国籍者の親族である外国人の入国に関するガイドラインを改定しました。
次の外国人（下記のカテゴリーに明記された元フィリピン国籍者も含む）は、フィリピン入国に際して、適切なビザ（9(A)[短期滞在ビザ]）を取得または保有していることが求められ、大使館でビザ申請が可能。フィリピン入国管理局または在外公館より発給された有効なビザをお持ちの場合は、新たにビザを申請する必要はございません。
・フィリピン国籍者の外国人配偶者
・フィリピン国籍者の外国籍の子供（未成年）
・フィリピン国籍者（年齢を問わず）の介助等が必要な外国籍の子供
・未成年のフィリピン国籍者の外国人の親
・外国人の親の介助等が必要なフィリピン国籍者の子供（年齢問わず）

III. 永住権（移民）ビザ保有者

2020年7月30日付第56号決議に従い、新型コロナウイルス感染症に関する省庁間タスクフォース（IATF-EID）は、2020年8月1日よりフィリピン移民法613条13項の永住ビザの保有者はフィリピンへの入国が認められるように指示しました。
入国が認められるのは、入国時に有効なビザを持っている者です。新たなビザの発給は行いません。

IV. 駐在または任務でフィリピンに渡航する外国政府職員（外交ビザ）

FSC-29-2020に従い、フィリピンに任務または業務で渡航する外国政府職員は、外交ビザが発給され、入国が認められます。大使館でビザ申請が可能。

V. フィリピン貿易産業省（DTI）より推薦を受けた外国人

ビジネス目的で、ビザ発給の一時停止措置(FSC No. 29-2020)の免除を希望される方は、フィリピン貿易産業省からフィリピン外務省へ正式な推薦を受ける必要があります。
これに伴い、緊急事態またはやむを得ない事情により、外国人役員、従業員、コンサルタントや研究員の入国を希望するフィリピンの企業は、貿易産業省に申請を行ってください。
入国禁止措置からの免除が認めらた方のみ、大使館でビザ（9(A)[短期滞在ビザ]）申請が可能。

VI. フィリピン経済特区庁（PEZA）より推薦を受けた外国人9(A)

フィリピン経済特区庁（ＰＥＺＡ）認可の企業より、フィリピン入国のためにビザ発給の一時停止措置(FSC No. 29-2020)の免除を希望される方は、フィリピン経済特区庁からフィリピン外務省へ正式な推薦を受ける必要があります。
これに伴い、緊急事態またはやむを得ない事情により、外国人役員、従業員、コンサルタントや研究員の入国を希望するＰＥＺＡ認可の企業は、ＰＥＺＡに申請を行ってください。
入国禁止措置からの免除が認めらた方のみ、大使館でビザ（9(A)[短期滞在ビザ]）申請が可能。

VII. 船員またはクルーリスト　9(C)

2020年6月19日付第47号決議に従い、新型コロナウイルス感染症に関する省庁間タスクフォース（IATF-EID）は、船員の交代を目的とした外国籍船員に対し、船員またはクルーリストビザ9(C)ビザの発給と入国を認めました。大使館でビザ申請が可能。

上記以外のビザ申請は、一時休止しています。
ビザ申請は、窓口での申請はオンラインで予約が必要です(https://quarantine.doh.gov.ph/facilities-inspected-as-of-july-30-2020/)。
郵送による申請も可能です。

詳細やお問い合わせは　駐日フィリピン共和国大使館ビザ課へお願いします。
（visa@philembassy.net 　電話：03-5562-1600　+ 8 + 130 + # + 0）

出典：駐日フィリピン共和国大使館ホームページ｜お知らせ: コミュニティ隔離下における外国人のフィリピン入国のための ビザ申請書類
https://tokyo.philembassy.net/ja/01announcements/advisory-visa-requirements-for-foreign-nationals-allowed-to-enter-the-philippines-while-under-community-quarantine/#nav-cat